（一）使用人不同
专用一般只能由一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开：普通则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通。
（二）作用不同
普通只是一种商事凭证，而专用不仅是一种商事凭证，还是一种扣税凭证.简单的说就事专用可以抵扣进项税额，而普通不可以抵扣
（三）票面反映内容不同
普通需要具备购买单位、销售单位、商品或者服务的名称、商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款、开票单位、收款人、开票日期等内容，而专用还包括纳税人税务登记号、不含金额、适用税率、应纳额等内容。
（四）联次不同
专用有四联：第一联为存根联(用于留存备查)，第二联为联(用于购买方记账)，第三联为抵扣联(用作购买方的扣税凭证)，第四联为记账联(用于销售方记账)
普通有三联：第一联为存根联，第二联为联，第三联为记账联。
（五）反映的价格不同
普通反映的价格是含税价，税款与价格不分离；专用反映的价格是不含税价，税款与价格分开填列。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国暂行条例》第六条销售额为纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
销售额以人民币计算。纳税人以人民币以外的货币结算销售额的，应当折合成人民币计算。
第七条纳税人发生应税销售行为的价格明显偏低并无正当理由的，由主管税务机关核定其销售额。
第纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的专用上注明的额。
（二）从海关取得的海关进口专用缴款书上注明的额。
（三）购进农产品，除取得专用或者海关进口专用缴款书外，按照农产品收购或者销售上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，另有规定的除外。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由决定。
