法律分析：如果用人单位已依法在规章制度中，明确上班迟到早退要扣工资，且规章制度已进行公开公示并告知员工的，那么出现上班迟到早退扣钱是合法的。
一、因为档案问题被单位克扣工资是否合法
因档案问题被单位克扣工资不合法。工资应按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。被克扣工资的劳动者可向劳动监察大队举报；只有劳动者违反用人单位的规章制度，且用人单位已依法在规章制度中明确扣除工资的要求标准并已率先进行公开公示告知员工可视作合理，同时所扣工资必须少于劳动者当月工资的20%。
二、员工违反公司规定可以罚款吗
不可以。罚款是法律赋予国家执法机关的权力，一般的用人单位没有罚款权。因此公司的规章制度中如果有规定迟到早退罚款，旷工半天罚款一天的工资这样的内容是违法的。员工可以不遵守这些违法的规则。一般来说员工迟到早退这些情况，可以通过人力资源管理中设置应急预案来解决。
三、早退怎么办？
问原因，有不得已原因可以谅解，想办法解决。无故的话少次扣工资，多次可以辞退，法律应该有规定：1、员工多次旷工，并经常早退迟到的，属于严重违法规章制度的行为，用人单位规章制度或者与劳动合同有明确约定的，可以予以辞退，并不需要支付经济补偿金。2、用人单位规章制度经员工大会讨论或者通告员工的，员工应当遵守。旷工属于严重违反规章制度的行为，如果经单位警告仍不改正的，可以予以辞退。这种情况下，属于员工自身过错造成的解除劳动合同，单位不需要支付经济补偿金。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
