1、扣税凭证丢失时由直接保管人承担相应责任。
2、丢失已开具专用的联和抵扣联，且丢失前已认证相符的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，取得相应专用记账联复印件(加盖专用章)及销售方主管税务机关出具的相关证明，并及时传递给管理人员，作为进项税额的抵扣凭证。
专用记账联复印件和单据留存备查，按照扣税凭证归档要求进行管理。
丢失已开具专用的联和抵扣联，如果丢失前未认证的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，取得相应专用记账联复印件(加盖专用章)及销售方所在地主管税务机关出具的证明单，并及时传递给管理人员，管理人员凭销售方提供的相应专用记账联复印件进行认证，认证相符的，可凭专用记账联复印件及销售方主管税务机关出具的证明单，作为进项税额的抵扣凭证。
3、公司丢失已开具专用的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用的联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用的联认证，专用的联复印件留存备查。
4、公司丢失已开具专用的联，可将专用抵扣联作为记账凭证，专用抵扣联复印件留存备查。
如果专票抵扣联丢失我们需要注意的事项？
如果只是丢失了专用的抵扣联或联其中一联的，处理起来就比较简单，但如果抵扣联和联同时丢失的，处理起来相对就复杂很多，专用毕竟不同于普通丢失后可以补开，所以一定要小心保管。
综上所述，如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用记账联复印件及销售方主管税务机关出具的证明单，作为进项税额的抵扣凭证。
法律依据：《专用使用规定》
第二十一般纳税人丢失已开具专用的联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失专用已报税证明单》如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失专用已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用联到主管税务机关认证，专用联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用的联，可将专用抵扣联作为记账凭证，专用抵扣联复印件留存备查。
