农村建房占用基本农田的处理办法如下：
1、一般是可以向国土部门检举举报；
2、可以向村委会反应，村委会有权利回收土地；
3、向提起诉讼，控告占用土地村民；
4、对本地国土局提起行政诉讼，控告其不作为。
基本农田是指中国按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。
永久基本农田既不是在原有基本农田中挑选的一定比例的优质基本农田，也不是永远不能占用的基本农田。永久基本农田就是我们常说的基本农田。加上“永久”两字，体现了党、对耕地特别是基本农田的高度重视，体现的是严格保护的态度。
完善基本农田保护制度。基本农田保护制度作为耕地保护体系的核心之一，承担着保护耕地精华部分的重要职能。通过经济、行政、技术等手段完善巩固现有的基本农田保护制度，使之成为划定永久基本农田的坚实基础。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》
第三十五条 永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田，涉及农用地转用或者土地征收的，必须经批准。
禁止通过擅自调整县级土地利用总体规划、乡（镇）土地利用总体规划等方式规避永久基本农田农用地转用或者土地征收的审批。
《中华人民共和国刑法》
第三百四十二条 【非法占用农用地罪】违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
