单位克扣工资经济补偿金员工可以申请，根据《劳动法》第九十一条的规定，用人单位克扣工资的情况下，员工可以申请支付拖欠工资、经济补偿金，并可能获得赔偿金。经济补偿金的支付标准根据违反或解除合同的情况而定，包括克扣工资、拒绝支付延长工作时间工资报酬、低于当地最低工资标准等。不同情况下，经济补偿金的支付标准有所不同，但没有12个月的支付。
法律分析
一、单位克扣工资经济补偿金员工可以申请吗？
可以的。
《劳动法》第九十一条：“用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令其支付赔偿金：
(1)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(2)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
(3)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(4)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。”
可以看出，用人单位克扣职工工资，要支付拖欠工资、补偿金(25%拖欠工资额)，必要时还要支付赔偿金(但要以造成实际损害为前提)。
二、经济补偿金的支付标准
按照《劳动法》和《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》的相关规定，经济补偿金的支付标准应根据违反或解除合同的不同情况，给予不同标准的补偿。
《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》对不同的补偿标准进行了更为明确的规定，它对用人单位向劳动者支付经济补偿金规定了四种标准补偿：
(1)违反《劳动法》和合同约定，克扣拖欠工资，拒不支付延长工作时间工资报酬;支付低于当地工资标准的工资报酬的，用人单位应加发工资报酬和低于部分25%的经济补偿金。
(2)对因劳动者患病、非工负伤或不能胜任工作而解除劳动合同的，用人单位应按其在本单位工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。对患重病和绝症者，用人单位还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的50%，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的100%。
(3)对“经劳动合同当事人协商一致，由用人单位解除劳动合同的;劳动者不能胜任工作，经过培训或调换工作岗位后仍不能胜任，由用人单位解除合同的，用人单位应按其在本单位工作年限，工作时间每满一年，发给相当于一个月工资的经济补偿金。若劳动者工资高于社平三倍的，则最多付给12个月的经济补偿金”。
(4)对劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，经当事人协商不能就变更合同达成协议，用人单位解除合同的;用人单位濒临破产进行法定整顿期间或生产经营状况发生严重困难，必须裁减人员的，用人单位应按劳动者在本单位工作年限支付经济补偿金，在本单位工作时间每满一年，发给相当于一个月工资的经济补偿金。此种情况的经济补偿金支付没有12个月的。
结语
根据《劳动法》和《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》的规定，单位克扣工资经济补偿金是可以申请的。根据不同的情况，经济补偿金的支付标准也有所不同。用人单位应当支付拖欠工资、补偿金，并在必要时支付赔偿金。对于违反法律和合同约定的克扣工资、拒不支付延长工作时间工资报酬、支付低于工资标准的情况，用人单位应加发工资报酬和低于部分25%的经济补偿金。对于其他情况，根据工作年限和具体情况，用人单位应按规定支付相应的经济补偿金。
法律依据
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第五章 工 资 第四十六条 工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。
工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观。
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第五章 工 资 第四十七条 用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第二章 促进就业 第十条 国家通过促进经济和社会发展，创造就业条件，扩大就业机会。
国家鼓励企业、事业组织、社会团体在法律、行规规定的范围内兴办产业或者拓展经营，增加就业。
国家支持劳动者自愿组织起来就业和从事个体经营实现就业。
