征地补偿款发放部门包含和农村集体经济组织。土地由农民使用，由直接分配给农民；土地归农村集体经济组织所有，直接分配给农村集体经济组织。
《土地管理法实施条例》第26条规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有。村集体经济组织在收到土地补偿费后，应当按照《村民委员会组织法》第17条的规定召开村民会议，在所有具有本集体经济组织成员内部平均分配此款。
一、确权后的土地补偿归谁？
1、土地补偿费归农村集体经济组织所有。农村集体经济组织有的是村集体(并非村委会)有的是村民小组集体。村集体有权以村民会议或村民代表会议的形式，决定征地补偿费的分配和使用，村集体可以将该集体收入用于开办集体企业，发展公益建设，可以分配到各户，可以分配给被征用承包经营土地的村民。而村集体依法对其所有征地补偿款作出的处理，应承认其合法性。若村集体将征地补偿费进行分配，则该部分征地补偿费权属依法发生转移，集体与成员间因分配决议而产生了权利义务关系。
2、地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。
3、对于安置补偿费的归属，需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。
4、根据农村土地承包经营权流转管理办法第17条规定，同一集体经济组织的承包方之间自愿将土地承包经营权进行互换，双方对互换土地原享有的承包权利和承担的义务也相应互换，当事人可以要求办理农村土地承包经营权证变更登记手续。根据土地承包经营权归属来判断，土地承包经营权是谁的，该部分补偿就是谁的。
二、土地补偿费的分配办法是什么？
征地补偿费中的土地补偿费支付给农村集体经济组织或村民委员会保管。经村民会议同意后，农村集体经济组织或村民委员会有条件将土地补偿费用于发展生产，解决农民生活出路的，可以统一安排使用；被征收的土地属于农民承包经营的土地或者自留地，经村民会议2/3以上的成员或者2/3以上的村民代表同意，农村集体经济组织或村民委员会可以调整其他土地的给被征地农民，但质量和数量不相当的，可以给予被征地合理补偿，农村集体经济组织或村民委员会未能调整其他土地给农民，且又未解决农民生活出路的，应将不低于80%的土地补偿费一次性支付给被征地农民用于发展生产、自谋生路。农村集体经济组织或村民委员会依照前款规定取得的土地补偿费应当设立专户管理，用于发展生产和被征地农民的生活补助。
