(一)本罪与非罪的界限
根据销售假冒注册商标的商品罪的犯罪构成，过失销售假冒注册商标的商品、故意销售与注册商标的商品不属于同一种类的假冒产品、故意销售假冒注册商标的商品。销售金额数额不大，其社会危害性较小不构成犯罪的，应按照《商标法》第39条的规定处理。只有数额较大，如达到二万元，才能按犯罪处理。
(二)本罪与生产、销售伪劣产品罪的界限
1、侵害的客体不同。本罪侵害的客体是商标权人的商标专用权和消费者的合法利益，其中，侵犯商标专用权是主要方面。而后者侵害的客体是国家产品质量监督管理制度和消费者的合法权益，其中，侵犯消费者的合法权益是主要方面。
2、客观要件不同。本罪在客观方面表现为销售明知是假冒注册商标的商品，违法所得数额较大的行为;生产、销售伪劣产品罪在客观方面则表现为行为人在产品中掺杂、掺假，以假充真，以次充好或者以不合格产品冒充合格产品，销售金额在5万元以上的行为。
一、生产并销售劣药罪认定
(1)、本罪与非罪的界限
依本条的规定，生产、销售劣药的行为，只有对人体健康造成严重危害的，才构成本罪。如果没有对人体健康造成严重危害的，不构成本罪。另外生产、销售劣药未对人体造成严重危害，但销售金额超过五万元的，构成生产、销售伪劣产品罪；若未超过五万元的，属一般违法行为，不构成犯罪，可给予行政处理。过失行为也不构成本罪。
(2)、本罪和生产、销售假药罪的界限
两罪都侵犯了国家药政管理制度和公民的健康权和生命权。两罪在犯罪的主体、犯罪主观方面、犯罪客观方面基本都相同。二罪的主要区别在于：
1、犯罪对象不同。生产、销售劣药罪的对象只能是劣药，而生产、销售假药罪的对象只能是假药。假药和劣药的范围由《药品管理法》明确规定。
2、构成犯罪的标准不同。生产、销售劣药行为只有对人体健康造成严重危害的，才构成犯罪，在犯罪形态上属结果犯。生产、销售假药行为只要足以对人体健康造成严重危害的，就构成犯罪，在犯罪形态上属危险犯。
3、两种行为的社会危害性不同，处罚也不同。劣药的实质是药品质量和使用效能达不到标准规定和预期治疗效果，而假药多数情况下是以非药品冒充药品或者以他种药品冒充此种药品。“假药”往往比“劣药”对人体造成的危害大，因而生产、销售假乡罪的法定刑要重于生产、销售劣药罪，前者法定最高刑为死刑，后者为无期徒刑。另外，行为人既生产、销售假药，又生产、销售劣药，均构成犯罪的，应分别定罪，实行数罪并罚。
(3)、本罪与生产、销售伪劣产品罪的界限
1、侵犯的客体不同。生产、销售劣药罪侵犯了公民的健康权和国家药政管理制度；而生产、销售伪劣产品罪则侵犯了国家产品质量监督管理制度和消费者的合法权益。
2、犯罪对象不同。生产、销售劣药罪仅限于药品；而生产、销售伪劣产品罪则包括所有产品。
3、构成犯罪的标准不同。生产、销售劣药罪的构成必须具备“对人体健康造成严重危害”，而生产、销售伪劣产品罪的构成要求“销售金额在五万元以上”。依本法规定，行为人如果生产、销售劣药未对人体造成严重危害，但销售金额在五万元以上的，应依照生产、销售伪劣产品罪定罪处罚。生产、销售假药，构成生产、销售假药罪，同时又构成生产销售伪劣产品罪的，应依照处刑较重的规定处罚。
