深圳少儿医保自己交跟学校交的区别如下：
1、性质不同。居民医保是国家为保障广大人民医疗健康而建立的一种医保制度。有一定比例的补贴，属于行为。而商业医疗保险属市场竟争机制的制约，保险人与被保险人之间是一种契约关系，是完全的商业性质；
2、筹资渠道不同。居民医保是由个人承担，集体、国家给予一定额度的补贴；而商业医保保费完全由个人承担；
3、参保资格不同。居民医保不属年龄和身体健康与否的，人人可以参保，而商业医保属年龄和身体状况的，年龄大了不保，身体有病的不能投保；
4、保险范围不同。居民医保不属病种的，只要是生病住院都可以按规定按比例报销医疗费。而商业医保有病种的，许多范围外的疾病无法报销医药费；
5、赔付不同。居民医保发生疾病可持医保卡，到定点医院就医，凡属于基金内支付的医药费不用个人垫付。商业医保被保人必有先垫付医药费出院后报给保险公司审核赔付。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
