通过刑事诉讼对侵犯商业秘密罪进行追诉已经在我国刑法及相关司法解释中体现出来。2007年最高人民、最高人民发布了《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释
(二)》，其中第5条规定：“被害人有证据证明的侵犯知识产权刑事案件，直接向人民起诉的，人民应当依法受理;严重危害社会秩序和国家利益的侵犯知识产权刑事案件，由人民依法提起公诉”，赋予了权利人自诉的权利。然而对于告诉才处理的犯罪，刑法一般在具体罪状后面直接标明起诉方式，我国《刑法》第219条在侵犯商业秘密的起诉方式上没有“告诉才处理”的规定，因此侵犯商业秘密罪案件不属于纯粹的自诉案件。
最高1998年发布的《关于执行(中华人民共和国刑事诉讼法)若干问题的解释》第1条有规定：“人民直接受理的自诉案件包括……
(二)人民没有提起公诉，被害人有证据证明的轻微刑事案件……7.侵犯知识产权案(刑法分则第三章第七节规定的，但是严重危害社会秩序和国家利益的除外)……对上列案件，被害人直接向人民起诉的，人民应当依法受理。对于其中证据不足、可由机关受理的，或者认为对被告人可能判处三年有期徒刑以上刑罚的，应当移送机关立案侦查。”从上述规定可以看出，侵犯商业秘密罪起诉方式有两种：公诉与自诉。对于严重危害社会秩序和国家利益的侵犯商业秘密犯罪案件，必须由公诉机关进行追诉;对于普通的侵犯商业秘密犯罪案件，可适用自诉程序。但这不是绝对排他性的自诉，侵犯商业秘密罪起诉方式在两种情况下有可能转化为公诉：一种情况是被害人对于被告侵犯商业秘密犯罪行为的证据不足，可由机关受理后成为公诉;另一种情况是认为被告可能被判处三年有期徒刑以上刑罚的，应当移送机关立案侦查。
