离职申请公司同意了不算违反保密协议。
员工在离职前可以向公司签订一份竞业协议，如果协议存在，则员工离职后一定要遵守协议的约定，履行保密义务，如果泄露了公司秘密，则要承担法律责任。
离职手续办理流程如下：
1、员工提交离职申请，交部门负责人和人事部审批通过；
2、和同事交接相关工作；
3、归还相关办公用品，包括工作牌、工作服等；
4、在人事部门办理相应离职手续；
5、公司开具离职证明，以证明员工已从该公司离职。
综上所述，劳动者在离职的过程中应该了解自己的权利和义务，尊重用人单位的合法权益，尽量通过协商和谈判解决问题，如果无法解决可以考虑向相关机构寻求帮助。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条
用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
第三十
用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
